ちなみに距離が原因と言う前に、

・キャリパーの取り付けがしっかりとなされている
・ローターの取り付けがしっかりとなされている
・キャリパーとローターの位置についてセンターが出ている
・ローター自体が歪んでいない

など取り付けやパーツの状態に問題無いということが大前提です。
その上で音が鳴るというのであれば、それはディスクブレーキはそういうものだと初めて言えると思います。実際に、取り付けがしっかりなされていても高温になると反って音が鳴りますので、そういうものと言えるでしょう。

もし音鳴りを低減させたければ、ローターやキャリパーの取り付け状態を可能な限りベストにしたうえで、構造がシンプルなカンパにするとか、ローターの径を140mmにして反り具合を相対的に小さくするなどが選択肢になるのではないでしょうか。
XTRローターと音鳴りの関連性ですが、XTRの方が剛性が高いそうです。放熱性はDURA ACEが高いそうですが、剛性の高さで歪みにくいらしいです。